Il Tribunale Superiore ha duplice competenza: infatti giudica, con diversa composizione, sia in materia di diritti soggettivi che di interessi legittimi.

Nel primo caso, a sensi dell'art. 142 T.U. acque, conosce in grado di appello tutte le cause decise in primo grado dagli otto Tribunali Regionali delle Acque Pubbliche aventi sede nelle Corti d'Appello di Torino, Milano, Venezia, Firenze, Roma, Napoli, Palermo e Cagliari sulle materie di loro competenza indicate negli artt. 140 e 141 T.U. acque e cioè: controversie intorno alla demanialità delle acque, circa i limiti dei corsi o bacini loro alvei e sponde; controversie aventi ad oggetto qualunque diritto relativo alle derivazioni e utilizzazioni di acqua pubblica; controversie di qualunque natura, riguardanti la occupazione totale o parziale, permanente o temporanea di fondi e le conseguenti indennità; controversie per risarcimenti di danni dipendenti da qualunque opera eseguita dalla pubblica amministrazione; ricorsi previsti dagli artt. 25 e 29 del testo unico delle leggi sulla pesca approvato con R.D. 8 ottobre 1931, n. 1604.